土壤酸化的危害如同土壤水土流失的危害一樣，酸化土壤改良它不斷影響、危害、蠶食著綠色植物的生長發(fā)育及生存環(huán)境。
　　1、抑制根系發(fā)育：土壤酸化可加重土壤板結(jié)，使根系伸展困難，發(fā)根力弱，緩苗困難，容易形成老小樹，老僵苗，根系發(fā)育不良，吸收功能降低，長勢弱，產(chǎn)量降低。
　　土壤酸化加重農(nóng)藥浪費：酸化土壤中植物長勢減弱，抗病能力降低，易被病害侵染，不得不增加施藥量。
　　2、施肥無效：大部分中、微量元素吸收利用率很低。土壤酸化導(dǎo)致肥料流失嚴(yán)重，肥料利用率不足30%。土壤酸性不單使70%的氮素流失，同時也使60——80%的易生成不溶性物質(zhì)的磷鉀成份吸收不了，加上酸性導(dǎo)致根系生長弱及養(yǎng)分自身吸收利用率低，其結(jié)果導(dǎo)致大量使用化肥，作物卻生長緩慢，病害多，產(chǎn)量低，品質(zhì)差，造成投入增加，效益大幅度降低。
　　3、作物營養(yǎng)不良，缺素癥嚴(yán)重。如蘋果苦痘病、紅點、根瘤、叢葉、花葉、果銹病及梨鐵頭、斑點、雞爪印等缺素癥及病毒等病頻繁發(fā)生。樹勢抗逆力弱，容易受病菌侵蝕，用再好的藥也控制不了病害的發(fā)生!由于土壤酸化，改變了土壤微生態(tài)環(huán)境，根際有害微生物在酸性條件下大量繁殖，且這些病害控制困難，如黃瓜鐮刀菌枯萎病容易大發(fā)生。
　　尤其是十字花科的根腫病和茄果類蔬菜的青枯病、黃萎病和辣椒三落(落花、落果、落葉)等增多。會出現(xiàn)鋁、錳、鐵離子的毒害，使作物產(chǎn)生黑根、銹根;芹菜、白菜的根腐病，番茄的青枯病，萵苣出現(xiàn)“金鑲邊”。
　　4、土壤有益微生物種群變化，細(xì)菌個體生長變小，生長繁殖速度降低，如分解有機(jī)質(zhì)及其蛋白質(zhì)的主要微生物類群芽孢桿菌，放線菌、甲烷極毛桿菌和有關(guān)真菌數(shù)量降低，影響營養(yǎng)元素的良性循環(huán)，造成農(nóng)業(yè)減產(chǎn)。特別是酸雨可降低土壤中氨化細(xì)菌和固氮細(xì)菌的數(shù)量，使土壤微生物的氨化作用和硝化作用能力下降，對農(nóng)作物大為不利。